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Camara digital:
Termina el juego con exito una vez y conseguiras una camara digital (en el juego) que podras utilizar para las proximas partidas que inicies con Solid Snake o Raiden.

Dejate coger por Gurlugon:
En la mision 17 cuando luchas contra Gurlugon te visten con un uniforme del enemigo, en vez de atacarte. Gurlugon se enamorara locamente de ti, te cogera como una mision no completada pero es divertido.

Despertar a un guardia:
Mientras Ninja Raiden este en modo sigilo, acercate a un guardia inconsciente y pon camara en primera persona. Ataca al guardia a la cabeza, esto hara que se despierte, pero tu podras matarle ya sin demasiada dificultad, una vez hecho eso esconde el cuerpo para que no puedan encontrarle los demas guardias y por lo tanto tampoco te encuentren a ti.

Dificultad Europea:
Lo conseguiras superando el nivel normal de dificultad.

Gafas de sol:
Al completar dos veces el juego, tanto Solid Snake como Raiden llevaran unas gafas de sol muy chulas.

Gurlugon se suicida:
Cuando te encuentres con Gurlugon debes esconderte tras una caja muy grande que hay a la izquierda. Cuando la caja se rompa aparecera una revista. Esto hara que Gurlugon se vuelva loco llegando a suicidarse. La mision sera un exito.

Invisibilidad y munición ilimitada:
Primero hay que completar con exito la fase The Tanker tres veces, en los diferentes niveles de dificultad pero todos en la misma partida salvada. Una vez heco esto consigue 120 marcas de perro (40 en cada dificultad). Podemos dejar alguna sin recoger puesto que hay:
42 en muy facil.
43 en facil.
48 en normal.

Metal Gear solid 1 Snake:
Termina el 100% de las misiones con Snake, Pliskin, Tuxedo Snake, Raiden, Ninja Raiden y Raiden X.

Modo de supervivencia:
Accederas a el completando Sons Of Liberty en cualquiera de los niveles.

Modo fotos:
Tendras acceso a este modo una vez hayas completado el modo de bombas y subido de nivel con las misiones alternativas. Asi podras habilitar el modo fotos en las misiones VR.

Opcion teatro:
Trucoteca.com Trucos METAL GEAR SOLID SUBSTANCE 9e88 - Anticopy
Podras llegar a ella completando Sons Of Liberty en cualquier nivel de dificultad.

Pliskin:
Termina el 50% de las misiones de VR con Snake para acceder a el.

Raiden Ninja:
Si logras completar el 50% de las misiones VR, tendras un ninja Raiden de esas misiones.

Snake con Esmokin:
Termina el 100% de las misiones de VR con Pliskin.