Modelo OX:
Para obtener el modelo OX debes vencer a los ocho jefes de Megaman Zero 3 y 4 e introduce dichos cartuchos en la ranura de GBA en el Área N, entonces lucharas contra cuatro jefes del que hayas introducido y después de vencerlo lucharás contra el jefe final de Megaman Zero 3, véncele y conseguirás dicho modelo.

Desbloquear el modo difícil: 
Supera el modo normal

Desbloquear nuevos mini-juegos:

Crusher-F : 
Vence a dos jefes

Mega Crusher-F : 
Supera el gran record en Crusher-F (100 puntos)

Peluche de filisteo:
Debes acabar con Filisteo evitandole dar en la cabeza.

Peluche Flammole:
Debes acabar con Flammole evitandole dar en las piernas

Peluche de Hivolt:
Acaba con el evitandole dar en las piernas.

Peluche Hurricane:
Eliminale sin dañar su cuello.

Peluche Purprill:
Cargatélo sin darle en los brazos.

Conseguir el Subtank:
En el area E-4 justo al empezar a andar sobre la primera cinta transportadora, haz un salto bajo y alcanza la siguiente. Elimina al enemigo que aparece y lo trendrás.

Jefe final:
Simplemente cambia al modo Hx, usa el radar para ver sus puntos débiles y dale una vez en cada punto con el ataque tornado de nivel 2.

Ganar habilidades:
En el final de la fase gana al jefe y ganaras su habilidad.