Snake comenzará la aventura en mitad de un tiroteo, rodeado de un par de camiones. Dirígete al camión que aparece a la izquierda de la cámara, agáchate y arrástrate debajo del camión para poder ver una corta escena. Después de esto, Snake se escabullirá detrás de una esquina. Corre a lo largo del pequeño muro escondiéndote tras él y coge el rifle de asalto AK-102. Después de obtener el rifle, Otacon te enseñará cómo usar las armas dando un pequeño tutorial por el menú de armas. Continúa hacia el frente hasta llegar a la siguiente esquina.

Los robots Gekko te enseñarán cómo pueden hacer que las cosas te vayan mal. Una vez que vuelvas a tener el control de Snake, Otacon te indicará el camino del norte como el que has de seguir. Inspecciona el área que has de atravesar desde la esquina e intenta dirigirte hacia el norte corriendo y sin que seas detectado ni atacado  por los robots Gekkos.

Si te diriges en dirección norte, pronto llegarás a un callejón sin salida en donde un Gekko aparecerá en escena. Un poco más adelante está el punto de guardado o checkpoint, así que no te preocupes si eres herido por el Gekko.

Atraviesa la zona escapando y esquivando a los Gekkos.

Después de esto tendrás la primera  oportunidad para salvar el juego. En la siguiente escena, Snake es perseguido por un par de Gekkos, pero nuestro protagonista encontrará una vía de escape. Las siguientes escenas -- "Tres Días Antes" – te llevarán al comienzo real del juego.

Flashbacks: Cuando este tipo de escenas tengan lugar, un icono naranja aparecerá en la esquina derecha de la pantalla. Presiona el botón y podrás ir asistiendo a los flashback que te irán metiendo en la historia.

ACTO 1: Sol líquido

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Zona Roja Sector NW

Empezarás teniendo una coversación con Otacon, al cual te presentará a Mk.II, tu compañía robot temporal. Una vez que tengas el control de Snake, tendrás un minitutorial para que te familiarices con los controles de OctoCamo. Debes tener en cuenta que un objetivo rojo marcará tu destino en la brújula que aparece en la pantalla (y en el mapa en el menú de pausa)

Aquí está tu próximo destino. Te recomendamos que vayas por la parte derecha.

Camina delante de los dos soldados, y pronto un tanque rodará hacienda que más tropas salgan a escena. Ahora tienes que ser muy cuidadoso. Debes permanecer en todo momento fuera del alcance de las tropas y evitar cualquier tipo de confrontación. Más tarde tendrás tiempo de entrar en acción, pero por ahora mantén te alejado de los problemas. Te recomendamos que pauses el juego a menudo para poder consultar el mapa y poder comprobar la ruta de los callejones más adecuada. Permanece en la parte derecha del camino, arrastrándote entre edificios en escombros para llegar a tu objetivo de la manera más furtiva possible. Si eres descubierto por las tropas, trata de buscar un sitio seguro y espera a que el OctoCamo te indique que la zona ya es segura antes de continuar. Cuando lleves un poco más de medio camino antes de llegar a tu punto de destino, se considerará que has llegado a la siguiente área.

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Zona Roja

La mejor manera de llegar a tu punto de destino es que avances en zig zag a través de los escombros de la parte derecha del mapa una vez más. Sin embargo, encontrarás que hay unos cuantos soldados situados estratégicamente de manera que te sea bastante duro alcanzar tu punto de destino (no dan tregua ni al principio del juego, así que ándate con cuidado). Si eres un tipo impaciente, siempre puedes ir directamente hacia ellos y dispararles, si bien esta forma es bastante más arriesgada.

Estos cubos de basura en la parte izquierda pueden servirte como un gran escondite y un lugar desde donde iniciar una carrera

 Mantén los ojos abiertos y siempre en los guardias para poder pasar sin ser descubierto.

Dirígete al templo en ruinas (si te fijas es el edificio que tiene los arcos y columnas en la entrada) para llegar a tu destino. Una vez que estés dentro, saltará una escena y conocerás a Metal Gear Mk.II. Después de conseguir el Mk.II, podrás acceder a él a través del menú pulsando el botón L2. Si bien tendrás que tener en cuenta que cuando controles a MkII no podrás controlar a Snake, así que vuelve a controlar a Snake después de practicar un poco con el MkII. Otacon te indicará el camino y asistirás a un enfrentamiento entre soldados del PMC contra los milicianos, no sería mala idea que usará la fuerza y asistieras a los milicianos y les prestaras algo de ayuda, sobre todo teniendo en cuenta que tu próximo destino es el cuartel general de la Milicia.

 ¡Cuidado! No dispares a los milicianos.

Ve hacia el frente y cuidadosamente apunta a los soldados que suben corriendo y tomando posiciones detrás de los milicianos. Acaba con todos los miembros de la patrulla y ganarás bastantes puntos de amistad  con los chicos de la milicia. Ahora podrás entrar de manera segura en el cuartel general de la milicia.

Lanza Granadas: Antes de entrar en el cuartel general, gira hacia la izquierda de la entrada y podrás encontrar un lanza granadas (RPG) escondido entre las sombras.

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Cuartel General de la Milicia

Si has sido un chico bueno y has ayudado a los milicianos, no tendrás por lo que preocuparte en esta zona. En caso contrario, tendrás que extremar el cuidado. En este caso tendrás que hacer una llave o dejar k.o al primero de los guardias, eso sí, sin hacer demasiado ruido. Continúa avanzando, pero muy lentamente. Oirás algunos soldados preparándose para una escaramuza. De Nuevo si no has sido amistoso, lo mejor es evitarlos, así que escabúllete en las sombras para ocultarte de las tropas y pasarán a tu lado sin percatarse de tu presencia. Tendrás que hacer esta maniobra otra vez cuando pases por una larga y bien iluminada estancia o sala, así que practica.

 Puedes esconderte en las sombras del túnel por el que correrán los milicianos.

Antes de seguir a la siguiente zona, chequea el mapa para tener claro a donde te tienes que dirigir dentro de esta guarida. A pesar de que verás varios callejones sin salida, merece la pena chequearlos porque podrás encontrar en ellos diversos ítems como por ejemplo munición y vendas, así como lugares muy buenos para esconderse como por ejemplo contenedores de basura y armarios en los que podrás encontrar hasta un uniforme de miliciano, lo cual te puede ser de gran ayuda para pasar desapercibido. Sigue avanzando hacia el frente y llegarás a la enfermería, donde encontrarás a un grupo de soldados heridos, uno de ellos estará armado y otro estará con tranquilizantes, tendrás que tener cuidado si has elegido la opción de no ser amable con la milicia. Después de esto, seguramente te veas envuelto en un tiroteo, así que permanece atento a cualquier sitio que te pueda servir de escondite o bien acaba con todos. Nosotros te recomendamos la primera opción, si es que no quieres que toda la zona se llene de milicianos dispuestos a darte caza. Además estás ya muy cerca de tu punto de destino y no te conviene armar demasiado escándalo. Por último llegarás a unas escaleras que te conducirán a la salida y te encontrarás a salvo después de unas pequeñas escenas.

  Aquí están las escaleras que te conducirán a la salida.

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Ruinas Urbanas

Después de una de estas escenas te encontrarás con Drebin, el traficante de armas. Después de una introducción, recibirás gratis un rifle M4. Drebin te mostrará en qué consisten sus servicios (venta de armas, items, etc.) pero después de la charla tendrás que continuar de nuevo sólo, así que más te vale prepararte. Después de otra transmisión de Otacon, Snake seguirá camino.

 Como Drebin dice: él no es ni un enemigo ni un amigo… sólo es un tipo con una gran selección de armas.

Mi pequeño gran amigo: El M4 Custom que te regalará Drebin puede serte muy útil incluso cuando el juego está en fases avanzadas. Conseguir una mira debe ser una de tus primeras prioridades ya que te será de gran ayuda para liquidar enemigos a gran distancia. También puedes completarlo con un silenciador y por supuesto no olvides llevar una buena remesa de balas

Atravesar los escombros de la ciudad puede ser bastante duro. Afortunadamente para nosotros contamos con una herramienta de combate muy útil: la visión nocturna del Solid Eye (NV). Enciéndela y cuando estés en los escombros, podrás ver unas huellas de pisadas brillando en el suelo. Estas huellas te llevarán por el camino correcto. Sólo has de tener cuidado con un par de milicianos que encontrarás escondidos, y solo tendrás que tener cuidado con ellos si es que eres un enemigo para ellos como ya te hemos dicho, si no es así podrás pasar sin ningún problema

Más RPGs: Si perdiste el lanza granadas o RPG al principio, podrás encontrar más al principio de esta área (y si lo tienes aún te podrá darte unos cuantos puntos con Drebin). Uno de ellos estará justo detrás de Snake en el momento de empezar esta zona, escondido entre unas sombras en una esquina. Otro estará en una repisa en ruinas un poco más adelante en la zona, sólo tendrás que subir unas escaleras y dejarte caer a la cornisa para poder cogerlo.

 La Visión Nocturna (NV) te será muy útil para poder atravesar las ruinas de la ciudad.

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Suburbios (Downtown)

Snake se meterá dentro de un barril de petróleo vacío para pasar desapercibido. Esto puede ser usado como una gran herramienta de camuflaje o bien como un arma si te lanzas contra un enemigo, eso sí, ten en cuenta que si el recorrido es muy largo tendrás luego que dar un tiempo a Snake para que vomite. Así que asegúrate de no aterrizar entre un gran grupo de enemigos.

Prepárate  a girar como si estuvieras en un tiovivo.

Espera a que los miembros de la milicia se adelanten y hagan su tarea, después síguelos permaneciendo lo más cerca de la pared que puedas y en la parte derecha de la misma. En la esquina del primer edificio podrás ver un Sedan destrozado, escabúllete girando la esquina hacia él y haz zigzag a través del callejón noreste. Gira la siguiente esquina y deberás ver unas escaleras, sube por ellas y momentáneamente evitarás el peligro que verás abajo. En un punto de esta especie de azotea o balcón habrá un trozo de muro abierto, esta zona te será muy útil para acabar con los soldados del PMC que verás abajo.

 Usa este escondite elevado para limpiar esta zona inferior.

Una vez limpia la zona, salta a la parte inferior y recibirás una transmisión de Otacon señalándote el tanque Stryker que el ejército del PMC ha traído. Escóndete en un pequeño hueco que verás en un coche y continúa hacia el siguiente callejón. Otro grupo de milicianos aparecerá y tomarán posiciones en la parte delantera. Espera a que giren la siguiente esquina o bien sigue tu camino deslizándote en silencio a través del pequeño hueco que verás a medio camino en el callejón hasta que llegues a la parte trasera del Stryker. Ignóralo por ahora y continúa tu camino hacia el norte (o explora los edificios cercanos para encontrar y conseguir distintos ítems como unas granadas en la parte superior de unas escaleras).

 Haz que Snake explore los edificios que hay por la zona… si es que quieres unos cuantos ítems.

Acabarás en una parte de la calle bombardeada y llena de escombros, con varios grupos de milicianos escondiéndose por la zona. Lo mejor es coger el camino fácil y simplemente esquívalos y ve hacia tu punto de destino.